為了讓湯瑪士和伯格因把彈道學和機械、化學知識傳授給中國人，宋友亮決定第一，自己接受洗禮，加入天主教；第二，允許他們在海陽衛建造教堂並傳教。第三允許湯瑪士和伯格因要在海陽衛開辦教會學校，但是教學內容除了神學外，還必須包括彈道學、機械學和化學等自然科學知識。第四，請耶穌會派出更多知識淵博的神父來充實這所學校。
這讓湯瑪士和伯格因很高興，以前的來華傳教士最多也就是開設教堂，公開傳教而已，現在這個年輕的地方指揮官願意皈依上帝，還允許開辦教會學校，為進一步擴大傳教培養人才
“上帝保佑！”湯瑪士在胸口劃著十字。
不過這一決定遭到了呂文洲的反對，他認為堂堂大明子民，怎可以夷人為師？宋友亮便安排湯瑪士和伯格因單獨交談了一晚上。湯瑪士怎麽談的宋友亮是不知道，不過第二天一早，呂文洲做出了讓步。
由宋友亮擔任這個教會學校的校長，呂文洲和湯瑪士為副校長，呂文洲負責教授傳統的四書五經，湯瑪士負責教授西洋自然科學、伯格因神父教授神學。
不久，在中西工匠的合作之下，海陽衛第一間教堂隻用三天時間就造的頗具規模。湯瑪士神父興衝衝地來到工地，卻愕然發現精美的雕花窗戶上空空蕩蕩，一片玻璃都沒有。
“虔誠的亞曆克賽，為什麽教堂的玫瑰花窗上沒有彩色玻璃？那是天堂的窗戶~”湯瑪士問道。也稱玫瑰花窗，為哥特式建築的特色之一，指中世紀教堂正門上方的大圓形窗，內呈放射狀，鑲嵌著美麗的彩繪玻璃，因為玫瑰花形而得名。著名的玫瑰窗有法國巴黎聖母院的玫瑰窗等。玫瑰窗為教堂中彩色玻璃窗的一種，由於它的位置而成為裝飾的重點，在陽光照耀時，把教堂內部渲染的五彩繽紛、眩神奪目。玫瑰窗忽明忽暗，斑駁陸離光影中，讓人有一種恍若隔世的感覺。在哥特式教堂的西麵典型構圖中，一對塔夾著中廳的山牆，垂直的分為三部分。山牆簷頭上的欄杆、大門洞上一長列安置著猶太和以色列諸王的雕像的龕，把三部分橫向聯係起來。中央，欄杆和龕之間，是圓形的玫瑰窗，象征聖母的純潔（也有說法認為，玫瑰象征著彌賽亞，就是耶穌基督；聖經中玫瑰也代表古代的血液與女性崇拜）。3座門洞，都有周圈的基層線腳，線腳上刻著成串的聖像。
亞曆克賽是宋友亮加入天主教後的教名，宋友亮聳了聳肩膀，答道：”親愛的神父，那是因為我的工匠不會製作那種五彩繽紛的玻璃呀~！”
伯格因神父在胸口劃著十字，笑道：”上帝保佑，那就由我來為工匠們傳授第一課：如何製作玫瑰花窗上的玻璃吧！”
從此之後，海陽衛又多了一份新財源。第一批彩色玻璃一出爐，宋友亮立刻讓錦衣衛以密報的形式送了一批去北京，獻給崇禎皇帝。結果崇禎皇帝反倒是把宋友亮訓斥了一番，謂之”不要沉溺奇淫技巧之物，玩物喪誌”，馬匹拍到馬蹄上，吃力不討好
崇禎十一年八月，海陽衛的第一所教堂——聖約翰教堂落成，湯瑪士神父和伯格因神父為宋友亮舉行洗禮
聖洗禮儀的舉行由聖堂門口開始。湯瑪士問宋友亮道：”亞曆克賽，你向教會求什麽？”
宋友亮答說：”求信德。”
湯瑪士再問說：”信德為你有什麽好處？”
宋友亮再答說：”得永生。”
湯瑪士神色**的說道：”永生就是認識真天主和他所派遣的耶穌基督，願作他的門徒，聽他的聖言，遵守他的誡命，參加教友的團體生活和祈禱。這一切你都做到了嗎？”
宋友亮答道：”都做到了。”
湯瑪士為宋友亮祈禱，帶領他進入聖堂，參加聖道禮。
湯瑪士神父帶領宋友亮進入聖堂就位後，伯格因神父開始舉行彌撒，由聖道禮儀開始，先念集禱經，然後由讀經員念讀經——厄則克耳先知書卅六章和答唱詠，求主賜給我們一顆純潔的心和新的精神。然後再念讀經二聖保祿宗徒致迦拉達人書，告訴我們，領洗後再無種族之分，都屬於基督。我們既因聖洗與基督同死，也因聖洗與基督一齊複生。最後由湯瑪士神父念聖若望福音第三章，耶穌告訴尼苛德摩說：”人除非由水和聖神而生，不能見到天主的國。”說明聖洗聖事為得救的必要性。當然，這一切都隻能由湯瑪士和伯格因兩個神父自己來完成
宣讀福音後，湯瑪士神父率領全體教友（其實隻有伯格因神父一人）為宋友亮祈禱，求主光照他的理智認清他所犯的一切罪惡，感化他的心痛改前非，重新做人，做天主的好兒女，然後同宋友亮一起念痛悔經。發真心痛悔，這一項非常重要。倘若宋友亮沒有痛悔，聖洗隻赦免原罪，不赦免本罪，領洗後尚須辦妥當告解，以赦免本罪。發痛悔後，湯瑪士神父為宋友亮祈禱，求天父因聖子耶穌的苦難和複活，救宋友亮脫離黑暗的權勢，以基督的恩寵堅強他，在人生的旅途中不斷的保佑他，然後為他領洗聖油，並為他覆手，領他進入聖洗禮。
施洗時所用之水，必須經過祝聖，或在授洗當時，或在複活前夕。在祝聖水時教會祈求天父，偕同他的聖子和聖神降到水上，使那些要受洗的人，得由水和聖神再生。
聖洗既救人於罪惡和魔鬼的奴役，為此教會要求要受洗的人公開聲明棄絕罪惡和魔鬼。湯瑪士神父問宋友亮說：”為得享天主子女的自由，你棄絕罪惡嗎？”
宋友亮答說：”棄絕！”
湯瑪士再問說：”為脫離罪惡的奴役，你棄絕引人犯罪的人、地、事物嗎？”
宋友亮答說：”棄絕！”
湯瑪士又問說：”你棄絕萬惡之源的魔鬼嗎？”
宋友亮答說：”棄絕!”
宋友亮公開聲明棄絕罪惡和魔鬼後，才能宣發教會所承認的信德。湯瑪士問宋友亮說：”你信全能的天主聖父創造天地嗎？”
宋友亮答說：”我信。”
湯瑪士再問說：”你信我們的主耶穌基督，天主的惟一子，由童貞瑪利亞降生，受苦受難，死而複活，現今在天上享受光榮嗎？”
宋友亮答說：”我信。”
湯瑪士又問說：”你信聖神，聖而公教會。諸聖的相通，罪過的赦免，肉身的複活和永恒的生命嗎？”
宋友亮答說：”我信。”
湯瑪士開始為宋友亮授洗：宋友亮宣發信德後，已到了受洗的時刻。
湯瑪士遂在宋友亮額上倒水三次，同時口念授洗經文說：”亞曆克賽，我因父及子及聖神之名給你授洗。”天主就藉此聖洗赦免宋友亮的一切罪惡：原罪、本罪和罪罰，引他進入天主聖三的永生，成為天主的兒女，基督奧體的肢體。教會大家庭的一份子。
施洗後，湯瑪士為新宋友亮授聖油、授白衣、授蠟燭。口中念念有詞：此油乃堅振聖油，為主教所祝聖，表示由聖神賦與你的恩惠，使你與基督相合為一，分享他司祭、先知和君王之職，以得永生；授白衣表示你已獲得新生，心靈聖潔，成為基督的人。所以應常保持心靈的聖潔如同這白衣一樣，直到我們的主耶穌基督的審判座前，以獲享永生；授蠟燭表示你在基督內已成為光，應更加努力在言行上成為光明之子，直到基督再來的那一天。
