朱武、公孫勝二人遍翻史籍，總結曆朝曆代的征兵募兵的辦法，又結合了梁山軍這一路走來所使用過的辦法，以及梁山軍能不能夠如臂使指的使用等條件，再加上祝彪的提點，最後創立了一套新的兵製，這套製度稱之為衛所製。
其實衛所製也不是祝彪所創立，略微有一點曆史常識的人都製度，真正首創衛所製的是明太祖朱元璋。祝彪不過是剽竊而已。這套衛所製在明朝的初期起到了穩固明朝政權的重要作用，至於這套製度，在明朝末年成了腐敗的窩點，那不能說是這套製度不好。首先要知道，任何製度都是人製定的，執行製度的也是人。就好比一把槍，在好人手裏，它可以保護好人的生命財產安全，在壞人手裏，就成了殺人搶劫的凶器。
衛所製的兵源一共有四種：第一種，舊部，即梁山舊有的軍馬，這是梁山軍嫡係中的嫡係；第二種，歸附，包括投降的宋軍和削平群雄所得的軍馬，這其中當然包括王慶和方臘的舊部；第三種，恩軍，既在原梁山特別行政區中的犯人，這些犯人多是死囚，兩軍交鋒之時，讓他們打頭陣；第四種，垛集，即征兵，按人口比例，一家有五丁或三丁出一丁為軍。前兩種其實是梁山軍已經有了的軍馬，後兩者則是補充兵力，特別是垛集，在數量是行占了很大的比例。
製定了招募兵馬的方法，梁山軍立刻照此施行，很快，梁山軍由原來的二十七八萬人一下子擴充到了四十餘萬人上下，增加了十餘萬人。
征兵的問題解決了，下一步就是要建設這個可以說是初創的政權。如今祝彪最為缺少的不是馬上得天下的武將，而是馬下治天下的文官。
過去如果說祝彪開科取士還有一些避諱的話，那如今的祝彪已然沒有任何避諱了，他可以以大宋王朝中央政府的名義名正言順的公開的開科士子，可是關鍵的是這些錄取士子是支持他祝彪還是支持趙宋，政治立場很難辨明。這件事看似無關緊要，其實很是要緊。這些錄取的士子，日後都會在祝彪的政權中擔任各種職務，上至中央各部，下至州縣守牧，都是這班士子。想想，如果這班士子擁護趙宋，祝彪稱帝會是什麽結果？
最後還是朱武給祝彪出了個計策。就是在殿試的時候，讓趙構出道試題，喚作《論曹操》，看錄取的士子如何作答，從中就可以分辨出忠於祝彪和忠於趙宋的士子來，對於忠於祝彪的，那自然大力栽培，提拔重用，對於忠於趙宋的，那就旁敲側擊，著力打壓，以圖分化瓦解，對於其中識時務者，可以利用而決不能重用，而對於那些冥頑不靈者，可以保留一二，以示寬宏大量，其他的那就不用說了，該殺的殺，該貶的貶，斬草要除根。
就在祝彪忙著建設這個新政權的時候，忽然朱武奔到祝彪的相府之中，稟告說趙宋的成都府中書趙熙聯結秦州知州折可存，起兵造反，要問擁立之罪。
祝彪一聽這個消息哈哈大笑道：“好啊，好！老子正來了瞌睡，就有人給我送枕頭來了。”
朱武道：“寨主，這西川未經戰亂，又是天府之國，一旦讓趙熙折可存這些宵小成了事，那可是要壞大事的。”
祝彪道：“軍師，我們雖然擁立了趙構，可是真正我軍能控製的州府，還是過去我們兄弟血拚下來的那些城池，沒有太大的變化，今朝有人造反，我們正好打著大宋王朝的旗幟去剿滅他，一來可以就湯下麵，乘勢占了西川；二來也正好看看，這趙宋的旗幟好使不好使，如果不好使，那咱們就換了他，又有何不可啊？”
朱武沉思片刻道：“但是對於這次造反，不可大意，須得以獅子搏兔之力，一舉剿滅。”
祝彪道：“軍師說的有理，隻要這一戰打得好，從此我看天下誰敢不服！”
“正是正是，這是服天下之戰啊！”
當下，祝彪下令屯駐鄂州的嶽飛率領第二軍團立刻入蜀，有令駐守在金陵附近的吳玠吳璘兄弟，率領一部分招募的新兵，配上行軍司馬和行軍侍中以及部將，組成第五軍團，入川支援嶽飛征討西川。
朱武又進言道：“寨主，在下有個建議，不知當講不當講。”
“都是自家弟兄，有話盡可說。”
朱武道：“現在我軍當乘著趙宋的各處州縣在觀望蜀中戰事的時候，立刻向各處進軍，就算蜀中戰事一時半會兒沒個結果，我們也正好防著其他各處也謀反作亂。”
祝彪頷首道：“軍師說得有理，但是我們手裏必須留兩個軍團，以防不測。”
朱武想了想道：“小可有個主意，不知成也不成？”
祝彪道：“軍師，你往日說話不似今朝這般拖泥帶水，今天說起話來，怎麽結結巴巴的。”
朱武立刻恭恭敬敬的道：“寨主，如今新皇登基，這各處州縣的知縣知州該來朝拜，才是正理。請寨主下道聖旨，將長江以南的官員全服召來金陵，然後該殺的不妨殺一批，該貶的也不妨貶一批，該升遷的不妨升遷一批，該然他們回去的不妨放回一批，來個大清洗，至於那些不願來的，或以各種理由搪塞敷衍的，疑慮派兵剿滅，一個不留。”
朱武的話說完，祝彪看了他一眼：這神機軍師看來是個心狠手辣的主啊。隨即又問道：“那為什麽隻要長江以南的個州縣的官員來呢？”
朱武道：“長江以北的，臨近金人，逼得急了，他們就會反水，處理這些前朝的舊臣，要一批一批的來，不能急，急了就會出亂子，寨主現在要的穩，不是亂，無論大亂小亂，對於我軍都是不利的。”
祝彪笑道：“軍師啊，咱們梁山賊寇雖然是賊寇，但是就算是做賊寇，也得做個心胸寬廣的賊寇，這般容不下人，那是不行的！不僅不能殺，隻要不明目張膽的對抗朝廷，一個也不抓，就算真有敢冒天下之大不韙的，我們的原則也是是嚴懲惡首，脅從不問。”
朱武沒有想到這回祝彪竟然會這般的寬容，先是一愣，隨即答道：“遵命！”
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吳玠吳璘兄弟比嶽飛先行接到祝彪的將令，他們知道自己兄弟揚名立萬的時候到了，他們一接到軍令，立刻率領第五軍團，由揚州上船，浩浩蕩蕩沿江西上。
嶽飛接了將令，在鄂州布置一番以後，然後便領著軍馬上船，往西川開拔。
