現在擺在祝彪的麵前不僅僅是一個宋江如何處理的問題，而是如何處理跟著宋江一起叛亂的梁山頭領。
曆朝曆代，叛亂一旦發生，就必將會有一場血流成河的殺戮。隻是看殺人的多少而已。
而曆朝曆代的農民起義，大多是先有內訌而後失敗，祝彪心裏清楚，自己現在已經進入到了這個曆史周期的邊緣，不能妥善處理好參與了此次叛亂的頭領們的前途問題，恐怕自己領導的梁山的結果會比招安以後，征討方臘的結果還要悲慘。
祝彪隻關押了宋江、吳用與李逵，其他人等一概不予追究。就是宋江的父親與兄弟宋清，都沒有亂抓亂殺。那祝彪為什麽要關押吳用呢？因為在晁蓋留下的頭領的眼中，吳用是叛徒。如果不處理吳用，就有失去晁蓋係頭領們的擁護與支持。
關押李逵就不用說活了，祝彪得先煞一煞李逵的殺氣，煞殺氣最簡單的辦法就是關，先關他個一年半載再說，不行再關，等關得沒脾氣了，再看這個李逵還能不能用。
祝彪沒有審問宋江，也沒有審問吳用，原因很簡單，他不想審出一些他不想讓別人知道的事。你說要是宋江畏懼自己被殺，一口咬定射殺晁蓋的是花榮，吳用也在一旁作證，那如何處理花榮呢？如理了花榮，宋江又胡亂攀咬，那怎麽辦？所以最好的辦法就是不審不問，直接關起來。
聚義廳上，左右的頭領分立兩側。祝彪對梁山上所有的頭目道：“宋江吳用叛亂，現已全部擒拿，那麽從今開始，我們兄弟應該同心協力，繼承晁天王遺誌，將我梁山的事業越做越大，推翻大宋，建立新朝。至於宋江叛亂之前的事，無論是什麽人，以前無論說過什麽，無論做過什麽，全部一筆勾銷！”
說到這裏，眾頭領還不及議論，又聽祝彪問道：“如何不看見我花榮哥哥與戴宗哥哥啊？”
站在眾人最後麵的花榮與戴宗互看了一眼，略微有些緊張的站了出了，聲音低低的道：“末將在。”
祝彪一皺眉頭：“咱們站在那後麵，兄弟我還以為你們沒來呢？來來來，往前站。”接著對戴宗道：“戴院長，兄弟有一件事，想請戴院長幫忙。”
戴宗心裏沒底，不知道祝彪葫蘆裏賣的什麽藥，道：“寨主有事隻管吩咐。”
祝彪道：“戴院長，我是這樣想的啊，日後我們梁山的事業隻會越做越大，可是呢，這專遞消息的活，隻靠著戴院長一個人，兄弟怕戴院長分身無術，忙不過來。所以兄弟想成立一個傳遞院，戴院長繼續做院長，讓戴院長在兵士們中間選一批人出來，戴院長教他們神行法，讓他們個個都能似戴院長一般日行千裏百裏，這樣既可以讓我梁山軍馬能如臂使指，還能使得戴院長輕輕鬆鬆的坐鎮指揮。戴院長覺得如何啊？”
戴宗是戴罪之人，就算他心裏一百個不願意，也不敢拒絕，於是趕緊道：“一切遵從寨主將令！在下明日就去選人。”
祝彪微笑著點頭，然後又對花榮道：“花榮哥哥，你那百步穿楊的箭法，小弟是佩服得緊啊。所以，我也想讓花榮哥哥挑選一批箭法底子好的人，花榮哥哥親自教授他們箭法。不僅要步行百發百中，更重要的是，在馬上就算馬匹在行進中，我也要他們百發百中，花榮哥哥，你看成嗎？”
花榮沒有想到叛亂剛剛平定，祝彪就授予自己兵權。他這是真的信任自己還是在試探自己呢？
“如何啊，花榮哥哥？”
“在下盡力而為。”
祝彪一上手就首先重用戴宗與花榮的目的很簡單，就是為了安撫那些參與了叛亂的將領――看見沒有，跟著宋江的死硬分子我不僅沒殺沒關，還杜重用了，你們還操哪門子心啊？
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處理了叛亂的後續事宜以後，祝彪開始琢磨著重新整頓梁山軍馬的事情。
他也想來一次“三灣整編”，隻能讓寨主指揮軍隊，絕對不能讓軍隊指揮寨主。於是祝彪將梁山的兩千騎兵，一萬步兵，四千水軍重新整編。將騎兵整頓為兩個軍，他不想用那些唬人的稱號，什麽飛龍、飛虎、飛豹，一概不用。他將騎兵編為騎一軍與騎二軍。每個軍設立軍帥一名，副軍帥一名，行軍司馬一名，行軍侍中一名。
軍帥副軍帥不用說，他們是一軍之長，操練廝殺，全儀仗著軍帥與副軍帥；行軍司馬就好比政委，軍帥副軍帥隻管打仗，而做思想鼓動，鼓舞全軍的士氣，那就全靠行軍司馬，而最關鍵的是軍帥副軍帥如果想調動軍隊，必須得到行軍司馬的首肯，否則兵士們可以拒絕執行調動的軍令。而行軍司馬全部由祝彪親自任命；至於行軍侍中，其實這也就是祝彪隨便想出來的，但是這個行軍侍中的權利就是勘定功績。就是說，軍帥、副軍帥還有行軍司馬，都可以在祝彪麵前推薦誰有功誰有勞，不過在真正在職務的升降上，祝彪隻聽行軍侍中的，以行軍侍中的話為準。
軍帥、行軍司馬、行軍侍中不存在誰統帥誰，職位不同，卻級別一樣。最關鍵的是行軍司馬與行軍侍中可以隨時撤換。
這樣就形成了在軍中三方牽製的結構，誰也不可能私自調動軍隊，誰也不可能在軍中樹立私黨。這正是祝彪為了防止第二次有人發動叛亂。
一萬步兵分成四個軍，每個軍兩千人，另有兩千人，五百人交給李應，繼續製鹽販鹽。須知練兵打仗，那都是要花錢的。還有一千人，祝彪交給了卞祥，成立一支親兵，專門負責祝彪的安全。說白了，就是祝彪的禦林軍。還有五百人交給轟天雷淩振，加上繳獲的十架床子弩，再讓淩振自己再造一些攻城器械，組建梁山的炮兵部隊。水軍也一分為二，分成兩個軍。
祝彪這般整編軍隊，這不得不讓公孫勝與朱武佩服。自從唐末以來，曆經五代十國，曆來是亂世風雲起四方，有槍就是草頭王。後來宋太祖建國以後，為了防止武人做大，趙匡胤搞了個兵不識將，將不識兵的局麵。這樣雖然防止了武人謀反，但是同時也削弱了軍隊的戰鬥力，所以北宋在屢次對外戰鬥中是敗多勝少。
而今天祝彪這麽一整編，即可以防止武人做大，又可以增強軍隊的戰鬥力。這是自從唐末以來各個天下豪傑想做而沒有做成的事。這能不讓公孫勝與朱武佩服嗎？
