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此時，李建成正剛剛從自己的住處出來，他雖然被廢了之位，但李淵卻並沒有讓他搬出東宮，故他依舊住在此地。而在東宮旁邊的便是齊王府，李元吉此刻也正好出門上朝，於是兩人便結伴同行。
由於李世民的軍隊神不知鬼不覺的接管了長安城防，故皇宮內的人都不知道秦王的大軍進了城。隻有皇宮北門玄武門的禁軍總領常何知道李世民要來了。他原本是李建成的親信，但卻被其暗中策反，現在成了李世民的人。
在常何的帶下，李世民和劉靜、張寶德等人便來到了玄武門外，將兵士埋藏起來，準備伏擊李建成和李元吉。
李建成、李元吉在數十名親衛的陪同下，來到了臨湖殿。他們立刻便察覺到了情況有些不對勁，原本此處應該有八名守衛巡邏，但一走過來卻是一名也沒有碰見，靜得讓人感覺可怕。
“大哥，好象有些不大對勁啊！”李元吉皺了皺眉頭道。
他對於危險來臨有一種特別的敏感，這也是他為什麽屢戰屢敗還總能逃得性命的原因。
李建成也感覺出了有些異樣，因為他的心腹何常竟然沒有在這裏。
“元吉，我們先回去吧！可能宮內情況有變！”他這時掉轉了馬頭，準備向東返回東宮和齊王府。
埋伏在門外的李世民見狀頓時急了，立刻便率軍衝了出來，然後高聲呼道：“大哥、弟！”
李建成和李元吉聽見李世民的聲音，都是一愣。
李元吉有些奇怪道：“大哥，二哥不是應該在潼關前線嗎？怎麽突然回來了？難道是潼關也失守了，所以他敗退回來了？”
他這一問，李建成卻是反應了過來，眉頭一皺道：“不對勁！”
“皇兄，怎麽不對勁了？”李元吉問道。
“李世民竟然帶了數名兵丁進皇宮！他身後的士兵裝束，明顯是玄甲天兵，而不是宮中的禁軍！”李建成沉聲說道。
李元吉一聽，嚇了一大跳，忙道：“他該不會是來殺我們的吧？”
“此事大有可能，我們速回東宮叫人！”李建成於是便下令縱馬狂奔。
隻不過，當跑到宮門前時，卻發現這裏已經有數名身穿黑衣黑甲的唐軍，手持硬弓弩箭，對他們怒目而視。
“又是李世民的玄甲天兵！他們竟然堵住了宮門！”李建成和李元吉見狀，心頭頓時一沉，他們身邊隻有幾十名士兵，而對方僅是堵宮門的便有幾人，可謂敵眾我寡。
這時，李世民已經帶著大隊人馬衝了過來，將他們團團包圍。
“李世民，你想幹什麽？”李建成厲聲喝道。
“哼！你投降了宇明，企圖背叛大唐。父皇讓我帶兵前來拿你！”李世民冷哼了一聲道。
“你胡說八道！父皇已經下令投降周朝了，已經派出使者和周軍接洽此事了，你還不放開道，讓我們去上朝！”李元吉斥責道。
“李元吉，我看你才是胡說八道。竟然說父皇會投降！張將軍，給我把他拿下！”李世民大聲喝道。
“謹遵秦王命令！”張寶德應了一聲後，便立刻率領士兵上前，準備抓捕李建成和李元吉。
“快！元吉，我們一起衝！”李建成見狀，方拔出長劍，縱馬向玄武門處奔去。
而這時，李元吉卻是張弓搭箭，準備射向李世民。他的想法其實也不錯，現在李世民的士兵雖多，卻是都以其為。隻要自己能夠將其一箭射死，餘者群龍無之後，便會一轟而散。到時東宮和齊王府的援兵來了，便能夠扭轉局麵。
但他沒有想到的是：由於自己過心急，加上久不操練弓馬，一連兩次都沒有將弓拉滿，箭沒有射中。
而與此同時，李世民卻先張弓搭箭，射向已經向玄武門逃跑的李建成。
隻聽“嗖”的一聲，一支精鐵長箭飛過長空，準確地射在了李建成的後背之上。
“啊！”李建成慘叫了一聲，隨即跌落下馬，背上鮮血淋漓。
他眼眸中的生機正隨著鮮血的流出而漸漸消失。他萬萬沒想到，自己會在上早場時遭到伏擊，並死在了玄武門前。
而這時，在另一個方向，張寶德帶領騎兵餘人追到了李元吉身邊。
“嗖、嗖、嗖”數十支利箭淩空射來。
李元吉拔出大刀拚命格擋，大部分箭矢都被擋下，但仍有箭射中了他的戰馬，讓他跌落下來。
就在此時，張寶德已經快馬殺到，手起刀落，向李元吉的脖頸砍了過去。
那血淋淋的人頭在地上骨碌碌滾著，滾到了李世民的腳下。
李世民冷笑著一腳踢開了自己弟弟的人頭，然後對著李建成和李元吉手下，正嚇得戰戰兢兢的幾十名親兵道：“給我全部殺死！一個不留！”
於是，在一片慘叫聲中，這兩位大唐皇的手下也被全部清除，玄武門處頓時屍橫遍野。
而玄武門發生廝殺的消息，很快就傳到了不遠處的東宮。
而東宮的直齋郎將，李建成的老部下，翊衛車騎將軍馮立得知李建成被其弟李世民殺死之後，亦是歎息道：“馮某在生前深受大恩，豈能因一死便逃避禍難！”
於是，他與副護軍薛萬雙、屈直府左車騎謝叔方等，率領東宮和齊王府的精銳兵馬兩千人，急馳趕到玄武門，準備為李建成和李元吉報仇。
張寶德此刻便獨自關閉了大門，擋住馮立一行，讓其無法進入。
而雲麾將軍敬君弘掌管著宿衛軍，也駐紮在玄武門附近。他便準備出戰，與他親近的人阻止他說：“與秦王的事情未見分曉，姑且慢慢觀察事態的發展，等到兵力匯集起來，結成陣列再出戰，也為時不晚。”
但敬君弘並不聽從，而是馬上便與中郎將呂世衡大聲呼喊著，向李世民的軍隊衝去，結果全部戰死。
把守玄武門的李世民屬下士兵與薛萬雙等人奮力交戰，持續了很長時間。
薛萬雙親自擂鼓呐喊，準備進攻秦王府，讓李世民一方的將士皆大為恐懼，生怕家眷被害。
不過，就在此時，李世民卻是提著李建成和李元吉的級給薛萬雙等人看，東宮和齊王府的人馬頓失戰心，迅速潰散。薛萬雙與親兵數十人則趁亂逃出長安城，逃入了終南山中。
馮立殺死了李世民帳下大將張寶德後，方對部下道：“馮某總算可以報答殿下了。”
隨即，他便在四麵湧來的李世民手下軍隊圍攻中，身中數十箭而亡。
李世民這時一不做二不休，繼續率領大軍進攻皇宮的武德殿，與李淵的直屬衛隊發生了戰鬥。
而皇宮中的禁軍由於養尊處優，久不戰鬥。戰鬥力與李世民的精銳部隊玄甲天兵，完全不在一個檔次上。加上如今李世民的軍隊已經控製了長安城的大局。在程知節的率領下不斷前來支援，很快武德殿便失守了。
李淵望著滿身血汙，一臉獰笑的李世民，亦是嚇了一大跳。
他大驚失色問道：“今日作亂之人是誰？世民你到此做什麽？”
“父皇，兒臣救駕來遲了。”李世民冷笑了一聲，然後接著說道：“燕王和齊王企圖殺死父皇和孩兒，獨攬大唐政權。孩兒得悉他們的陰謀後，便率軍回師長安救駕，現在已經控製了城中局勢，李建成和李元吉已經伏誅。”
李淵嚇得戰戰兢兢，然後向剛剛趕到的裴寂和劉靜問計道：“不料今日竟然會出現這種事情，兩位愛卿認為應當怎麽辦呢？”
劉靜道：“李建成與李元吉原本就沒有參加舉義兵反抗隋朝的策劃，在征戰天下之時，又屢戰屢敗。沒有立下寸功。他們嫉妒秦王功勞大，威望高，便一起策劃奸邪的陰謀，企圖奪取大唐政權。現在，秦王已經聲討並誅殺了他們……秦王戰功赫赫，名震天下。陛下如果能夠立他為，將國家大事委托於秦王，就不會再生事端了。”
李淵苦笑道：“如今我大唐已是如此垂危，就算世民當了，又能有多大作用？”
程知節這時“鏘”的一聲拔出佩刀道：“我們隻願意效忠秦王，而不是其他人。如果陛下不立秦王為，恐怕軍將士都會不服！”
李淵無奈，在刀劍威脅之下，隻好說道：“好吧！那朕便立世民為便是！”
而這時，宿衛軍和秦王府的兵馬，以及跟東宮、齊王府的家將交戰還沒有完全結束。於是，程知節請求李淵頒布親筆敕令，命令城內還未歸降的各軍一律接受秦王的處置。李淵不得不接受了他的建議。
劉靜便從東上閣門出來宣布敕令，還在抵抗的東宮人馬及齊王府家將便都投降了。李淵又讓裴寂前往東宮開導原李建成麾下的諸將士，將士們便都棄職而散。
李建成的兒安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、钜鹿王李承義，李元吉的兒梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承等幼兒都被李世民殘忍殺害，他還在宗室的名冊上刪除了他們的名字。
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